नेपालमा खानेपानी क्षेत्रको संस्थागत संरचनाकोरुपमा वि.सं. 2028 सालमा खानेपानी विभागको स्थापना भएको थियो।खानेपानी विभाग अन्तरगत शंकरनगर खानेपानी योजना कार्यान्वयनका लागि कार्यालय स्थापना हुँदा वि.सं. 2038 सालमा खानेपानी आयोजना कार्यालयको रुपमा तत्कालिन शंकरनगर गाउँ पञ्चायतको योगीकुटीमा यहाँ कार्यालय स्थापना भएको थियो।यो कार्यालय तत्कालिन सरकारको निर्णयले नामाकरण हुँदा वि.सं. 2043 सालमा लुम्बिनी अञ्चलका सबै जिल्ला कार्यक्षेत्र रहने गरी लुम्बिनी अञ्चल खानेपानी डिभिजन कार्यालय भएको थियो। वि.सं. 2045 सालमा सबै जिल्लामा खानेपानी कार्यालयहरु स्थापना हुँदा रुपन्देही जिल्लाको लागि खानेपानी शाखा कार्यालय, रुपन्देही नामाकरण भएको थियो। वि.सं. 2048 सालमा यसको नामाकरण जिल्ला खानेपानी कार्यालय, रुपन्देही भई संचालन हुँदै आयो। वि.सं. 2058 सालमा खानेपानी तथा सरसफाई सब-डिभिजन कार्यालय नामाकरण भयो।वि.सं.2072 सालमा खानेपानी तथा सरसफाई डिभिजन कार्यालयको रुपमा नामाकरण भई नेपाल सरकारको कार्यालयकै रुपमा सञ्चालन हुँदै आएको थियो।

वि.सं. 2०७२ असोज ३ गते जारी गरिएको नेपालको संविधानको अनुसुचि ४ बमोजिम नेपाललाई ७ प्रदेशमा विभाजन गरिए अनुरुप लुम्बिनी प्रदेशमा परेका 12 जिल्लाहरु मध्ये खानेपानी तथा सरसफाई क्षेत्रको विकासका लागि नवलपरासी (बर्दघाट सुस्ता पश्चिम), रूपन्देही, कपिलबस्तु जिल्ला हेर्ने गरी स्थापना भएको खानेपानी तथा सरसफाई डिभिजन कार्यालय, योगीकुटी प्रदेश सरकार मातहतमा आयो।सुरुमा 3 जिल्ला हेर्ने गरी डिभिजन स्थापना भएतापनि वि.सं.2078 सालमा कपिलवस्तु जिल्लामा छुट्टै कार्यालय स्थापना गरे पछि यस डिभिजनको कार्यक्षेत्र नवलपरासी (बर्दघाट सुस्ता पश्चिम), र रूपन्देही जिल्ला मात्र रह्यो। वि.सं. 2081 श्रावणको प्रदेश सरकारको निर्णय अनुसार नवलपरासीमा पनि छुट्टै कार्यालय स्थापना भएपछि एउटामात्र जिल्लाको कार्यालयको रुपमा खानेपानी तथा सरसफाई कार्यालय, रुपन्देही स्थापितभई जिल्ला भित्रको खानेपानी तथा सरसफाई क्षेत्रको विकास गरी जनतालाई सेवा पुर्‍याउँदै आएको छ।